华东院从建院伊始就不断建立完善质量保证体系，自1987年以来一直坚持推行全面质量管理(TQM) ，1992年被能源部、水利部和浙江省评为“推行全面质量管理先进单位”；在推行全面质量管理的基础上，自1994年起开始贯彻实施ISO9000系列标准，并于1997年1月取得了ISO9001质量体系认证证书，成为中国水电勘测设计单位中较早通过质量体系认证的单位之一。2005年，华东院推行以市场为导向的扁平化组织架构，开始建立并运行质量、职业健康安全和环境（简称：QHSE）管理体系，同时全面推行卓越绩效模式，树立“大质量”理念，2006年10月通过中国船级社认证公司的QHSE管理体系认证，获得国家认监委批准、中国船级社认证公司颁发的QMS(IAF、CNAS)、OHSMS(CNAS)、EMS(IAF、CNAS)认证证书和QMS（UKAS）认证证书，使管理体系上了一个台阶并进入良性循环的运行轨道。2014年开始开展安全生产标准化达标建设工作，同时推进三项业务建设，2015年12月通过了电力勘测设计企业安全生产标准化一级达标。2016年5月通过检验检测机构资质认定取得计量认证（CMA）证书。2016年底开始，为适应战略管控的要求，以卓越绩效模式为框架进行管理体系整合，建立高度整合的、科学的综合管理体系，为企业追求卓越奠定管理体系基础。华东院于2013年被国家工信部授予“国家级两化融合示范企业”称号。为了提升数字化智慧化核心能力，持续推进企业信息化向信息化企业转变，华东院自2019年初启动导入建立信息技术服务和信息安全管理体系，于2019年7月首次通过信息技术服务和信息安全管理体系认证。

华东院每年通过监督审核或再认证(换证)审核，有效保持了管理体系认证证书。

经过二十余年的贯标实践和全面推行卓越绩效模式、内部控制、风险管理和安全生产标准化等国家标准，在“以市场和项目为中心，以二级生产单位为责任主体，以专业和职能为支撑”的基本架构下，优化调整集团化战略管控模式，不断完善综合管理体系，推进管理提升和创新，华东院已经形成了自我完善、自我改进的持续改进机制，建立了完善的程序化、标准化、文件化和信息化的综合管理体系，形成总体结构为“三层、三级、三大类”的企业标准体系，管理体系步入了持续健康的良性循环，为战略发展发挥了制度保障和引领作用，推进科学化、制度化、流程化、标准化、表单化和信息化管理，促进了经营方式逐渐转变为质量经营和品牌经营，持续提高整体绩效，助力华东院实现具有工程全过程智慧化服务能力的一流国际工程公司的总体战略目标。