近年来，华东院建成一大批高水平的研发创新载体，拥有三个国家级研发中心；十多个省级工程技术研究中心等；设有全国模范院士工作站，博士后科研工作站。

• 国家水电站大坝安全和应急工程技术中心
• 国家水能风能研究中心华东分中心
• 国家能源水电工程技术研发中心抽水蓄能工程分中心
• 浙江省抽水蓄能工程技术研究中心
• 浙江省工程数字化技术研究中心
• 数字城市CIM技术浙江省工程研究中心
• 浙江省智慧轨道交通工程技术研究中心
• 浙江省海上风电大数据中心
• 华东海上风电省级高新技术企业研究开发中心
• 海水淡化工程技术研发中心
• ECIDI/Bentley中国工程软件研究中心、中国BIM工程研究院
• 岩土工程中心(与美国伊泰斯卡、中科院武汉岩土所)